Los combates se desarrollaron tanto en el mar como en tierra, y a pesar de la inferioridad numérica de los españoles, la Armada Española se alzó con la victoria, causando una gran cantidad de bajas entre los piratas.Además de su importancia histórica para frenar los actos de piratería en esta parte del territorio del Imperio español, los combates de Cagayán se han considerado habitualmente como el mejor ejemplo de la superioridad de las espadas españolas de la época, fabricadas con acero toledano, frente a las tradicionales katanas japonesas.
Lo cierto es que hay también ciertas dudas sobre lo sucedido realmente en este episodio histórico, si bien hay varias fuentes de la época que nos narran de forma aproximada lo acontecido. Una de las más destacables es una carta escrita por Juan Baptista Roman el 25 de junio de 1582, y cuyo texto original se puede consultar online en diferentes sitios, como el proyecto Gutenberg o bien a través de Archive.org: The Philippine Islands, 1493-1803, Volume V., 1582-1583
Desde el siglo XIII, las costas de China y Corea habían comenzado a ser atacadas y saqueadas por los "Wakō" o "Wokou", grupos formados por comerciantes, bandidos y piratas originalmente japoneses (algunos de ellos antiguos samuráis), a los que con el tiempo se les sumaron también delincuentes y corsarios chinos (que acabaron siendo el grupo más numeroso), coreanos y malayos.
Poco a poco fueron extendiendo sus actividades por los mares de Asia, llegando también hasta el territorio de Filipinas, que desde 1565 era gobernado por el Virreinato de Nueva España como parte del Imperio español. Las islas españolas habían adquirido por entonces una gran fama de ser ricas en oro en Japón, intensificando los ataques piratas en las islas filipinas a partir de 1573. La situación empezaba a hacerse insostenible para los intereses españoles, por lo que se encargo en 1582 al capitán de la Armada española, Juan Pablo de Carrión, que resolviera el problema.
Con Carrión al mando, no tardaron en producirse los primeros choques y enfrentamientos entre los buques españoles y los piratas Wakō en el mar de la China Meridional. Tras cañonear un buque japonés y obligarlo a retirarse, los corsarios japoneses y chinos reunieron una flota formada por 18 champanes (buque tradicional de China y Japón), un junco (antigua embarcación a vela) y cerca de 1000 combatientes, para atacar las islas filipinas, mientras que la Armada español hizo lo propio, formando una flota compuesta por 40 soldados, 20 marineros, una galera, un navío ligero y otras cinco embarcaciones más pequeñas como apoyo.
En su misión de defender las costas filipinas, la flota española se encontró que el junco japonés había atacado y saqueado las costas de la isla filipina de Luzón. La Galera española (que llevaba por nombre Capitana) atacó al barco pirata inicialmente con artillería y posteriormente intentó el abordaje. Superiores en número, los piratas repelieron el ataque español y se lanzaron al abordaje de la galera española.
Mientras los españoles se defendían con una gran eficacia, gracias principalmente a sus armaduras y su experiencia en el uso de armas de fuego, llegó hasta el lugar el navío ligero español como ayuda, repeliendo a los corsarios que se tuvieron que batir en retirada, algunos de ellos lanzándose desesperadamente al agua y ahogándose. La flota española se reunió de nuevo al completo y navegaron por el río Grande de Cagayán (denominado río Tajo por entonces) buscando la flota pirata liderada por Tay Fusa (Tayfuzu). Los españoles se encontraron con los piratas Wakō en la desembocadura del río, donde habían construido fortificaciones y contaban aún con una fuerza muy superior a la española, 18 barcos y cerca de mil hombres.
Se produjeron intensos combates navales, donde la superioridad de los cañones españoles se impuso, dejando cerca de 200 bajas entre las filas piratas durante las primeras horas, a la vez que astutamente fueron alejando a los enemigos de sus posiciones fortificadas.
La flota española acabó desembarcando finalmente cerca de las posiciones enemigas, fortificando rápidamente su posición instalando los cañones de los buques, con los que siguieron hostigando a los piratas. Como resultado, los Wakō intentaron negociar una rendición, pero el capitán Juan Pablo de Carrión no aceptó ningún acuerdo que no fuera marcharse de la isla de Luzón sin indemnización alguna.
Como resultado del fracaso en las negociaciones y sabiéndose superiores en número, los piratas atacaron las posiciones defensivas españolas con cientos de hombres.
Una vez acabada la munición en ambos bandos, comenzó un combate cuerpo a cuerpo, donde los españoles utilizaron principalmente espadas roperas fabricadas con acero toledano, una clase de espada de hoja recta y larga muy popular por entonces, mientras que los piratas portaban mayormente las tradicionales katanas japonesas, un tipo particular de sable de filo único, curvado, utilizado habitualmente por los samuráis. Además de utilizar diferentes armas, también influyó en el resultado del combate las armaduras utilizadas en cada bando. Los españoles utilizaban armaduras muy robustas y pesadas, frente a las armaduras mucho más ligeras de los japoneses, fabricadas normalmente en cuero. Las espadas españolas eran armas de una mano (lo que les permitía también utilizar escudos), capaces de causar grandes daños en casi cualquier tipo de armadura, sin embargo las katanas japonesas son armas de un solo filo con las que era muy difícil herir mortalmente o penetrar las armaduras españolas.
El resultado de la batalla de Cagayán fue una aplastante victoria de los españoles. Mientras que el lado español sufrieron entre 10 y 20 bajas, la mayoría de efectivos japoneses y chinos murieron o resultaron heridos en el combate, por lo que optaron por la retirada. A estas considerables bajas piratas se sumaron varias más cuando los españoles les persiguieron en su huida y les dieron muerte, capturando como trofeos sus armaduras y un buen número de katanas.
Como consecuencia de la victoria española, los ataques piratas en Filipinas por parte de los Wakō se redujeron considerablemente los siguientes años, si bien se siguieron produciendo algunas escaramuzas. Aunque aún se mantiene el debate histórico al respecto y existen diversas interpretaciones, para muchos historiadores, los combates de Cagayán no solo demostraron la superioridad de las espadas españolas y el acero toledano frente a las tradicionales katanas japonesas en este tipo de combates de escaramuzas, sino también la superioridad estratégica y las tácticas de combate españolas (y por ende occidentales) frente a las asiáticas en aquella época.
Como curiosidad, en el año 2016 se publicó el cómic "Espadas del fin del mundo", creado por Ángel Miranda y Juan Aguilera, como un cómic de acción y ambientación histórica donde se narra este episodio de encuentro entre occidente y oriente.
